水刀切割机的数控切割装置大多是X、Y两轴坐标式的，适用于平面零件的切割。通常采用切割工作台沿X轴方向移动，而割刀沿Y轴方向移动方式，这样利用数控装置可以割除任意形状的平板零件，这种切割工作台驱动切割方式也适合于组合到自动生产流水线中工作。

    当高压泵的水流量有富余，也有在机架横梁上装备多把割枪同时切割几个同形零件的数控切割机装置，由于数控装置也能控制割刀上下移动，所以也有切割简单三维零件的水刀切割机。

    选用水刀切割机的时候，要多加注意其控制器的运算处理速度，确保其能跟上切割速度，如果控制装置的处理速度较慢，也就难以实现高速和正确的切割加工。另外，数控系统还应同时监控并调节水压力以及切口宽度，从而使所切割出的零件获得正确的外形尺寸。

    除了数控切割装置之外，水刀切割机的机器人切割装置现用的有多关节小型机器人和用于加工大型结构件的门架式机器人，基本上与焊接机器人同一类型，把切割刀头安装在机器人的臂上，用于切割各种立体零部件。